РФФИ активно развивает связи с международными и зарубежными научными организациями и фондами. Главными задачами Фонда при этом являются:

• участие в международных программах фундаментальных исследований;
• привлечение средств зарубежных и международных инвесторов для развития фундаментальных научных исследований в России;
• обеспечение участия российских ученых в конференциях и совещаниях за рубежом;
• сравнительный анализ мирового опыта экспертизы и конкурсного финансирования;
• помощь зарубежным и международным организациям в экспертизе их проектов силами экспертов РФФИ.

В этих целях Фонд устанавливает прямые связи с зарубежными и международными фондами и организациями, заключает с ними соглашения о сотрудничестве и совместном финансировании научных проектов. Подписаны соглашения о сотрудничестве с Немецким научно-исследовательским обществом, Международной ассоциацией по содействию сотрудничеству с учеными независимых государств бывшего Советского Союза (ИНТАС), Государственным фондом естественных наук Китая, Национальным научным фондом США, Национальным центром научных исследований Франции и др. В рамках этих соглашений проводятся конкурсы совместных научных проектов, что позволяет расширить международное научное сотрудничество и привлечь дополнительные средства из-за рубежа для поддержки лучших российских научных коллективов.