
В соответствии с предложениями Счетной палаты РФ в условия конкурсов, проводимых РФФИ, внесены следующие изменения:
- название и содержание инициативного проекта не должны полностью совпадать с названием и содержанием какой-либо плановой темы, выполняемой в организации и финансируемой из федерального бюджета (ответственность за соблюдение этого условия возлагается на руководителя проекта);
- запрещается подавать один и тот же инициативный проект одновременно на различные конкурсы РФФИ (например, если проект заявлен на конкурс а, его нельзя подавать на международный или региональный конкурс; если проект уже поддержан по какому-либо конкурсу, запрещается заявлять его в дальнейшем на любой конкурс);
- в качестве организации финансирования могут выступать только организация, в которой выполняется проект, или организация-основное место работы руководителя; финансирование через иные организации не допускается.

Кроме того, в связи с тем, что экспертиза проводится через Интернет, в заявках на конкурсы все заполненные заявочные формы должны быть размещены в одном прикрепленном файле в формате RTF, PDF или TEX. Если проект содержит графики, карты, формулы и т.п., их необходимо внести в этот же файл. Данное требование является обязательным для конкурсов
а (в том числе для региональных и международных), для остальных видов конкурсов только при наличии в заявке графиков, формул, таблиц и т.п.