Фондом совместно с администрациями и правительствами субъектов Российской Федерации (регионов) поддерживаются выполняемые в интересах регионов проекты фундаментальных исследований по областям знаний (01)-(06) и проекты ИВТР (07) для проведения фундаментальных исследований по областям знаний (01)-(06), а также проекты общенаучных систем. Правила оформления заявок соответствуют видам конкурсов "а" и "в". На титульном листе и в пункте 1.2.1 формы 1 (вид конкурса) должно быть указано составное название конкурса, включающее в себя обозначение и имя конкурса (например, р_север_а). Заявка представляется в региональный экспертный совет. Не допускается параллельно подавать один и тот же проект на общий конкурс РФФИ и на региональный конкурс.
Объявления о новых региональных конкурсах 2005 года будут опубликованы в газете "Поиск" и в местной печати.