Фондом совместно с администрациями и правительствами субъектов Российской Федерации (регионов) поддерживаются выполняемые в интересах регионов проекты фундаментальных исследований по областям знаний (01)-(08). Классификатор по области знаний 08 "Фундаментальные основы инженерных наук" опубликован в газете "Поиск" 22 (836) от 3 июня 2005г. Заявки оформляются по правилам конкурсов "а" и "офи" . На титульном листе и в пункте 1.2.1 формы 1 (вид конкурса) должно быть указано составное название конкурса, включающее в себя обозначение и имя конкурса (например, р_юг_а). Заявка представляется в региональный экспертный совет. Не допускается параллельно подавать один и тот же проект на общий конкурс РФФИ и на региональный конкурс.
Объявления о новых региональных конкурсах 2006 года опубликованы в газете "Поиск" 23 (837) от 10 июня 2005 г., на сайте РФФИ и в местной печати.